Ông quê gốc làng Hưng Nhơn (Kẻ Vĩnh), xã Hải Hòa, huyện Hải Lăng, tỉnh Quảng Trị.

Trần Văn Lý là con trai cả của cụ Trần Văn Tự. Ông có em trai là Trần Văn Trình, em gái thứ là Trần Thị Kính. Ông có quan hệ bà con với Giám mục Lê Hữu Từ.

Tốt nghiệp Trường Cao đẳng Hành chánh Hà Nội, ông làm Tham tá tại Quy Nhơn trong ngạch quan lại Pháp. Sau đó, do sự giới thiệu và giúp đỡ của Khâm sứ Trung Kỳ, ông trở lại ngạch quan lại Nam triều với chức Thương tá Trung Phước (Bình Định), rồi Tri huyện Thọ Xuân (Thanh Hóa). Ông có tiếng là một vị quan nổi tiếng liêm chính, sống giản dị, quan tâm đến dân chúng.